Ante la necesidad de apoyar proyectos institucionales de manera más fácil y eficaz que a través de fondos federales, en 2008, un grupo de profesionistas comprometidos con la salud pública e interesados en impulsar el conocimiento y la educación para la salud en México formaron FunSaEd, como una asociación civil sin fines de lucro para apoyar el desarrollo de las actividades de investigación, educación e innovación en materia de salud.

La fecha de su constitución fue el 26 de mayo de 2008, en una primera etapa de 2008 a 2012, se realizaron actividades de organización, administración y legales, que permitieron cumplir con las obligaciones fiscales, recibir donativos nacionales y extranjeros, así como formar parte del Registro Nacional de Instituciones y Empresas Científicas y TecnológicaS (RENIECYT).

Con fecha 2 de octubre de 2012 se realizó la Asamblea General Ordinaria y Extraordinaria, en la que fue designados los miembros de la nueva Mesa Directiva.